Na území dnešného Kežmarku boli v pol. 13.storočia tri kostoly:
-kostol Sv.Petra a Pavla
-kostol Sv.Michala – pôvodne farský kostol. Stál na Michalskom vrchu, nad dnešnou železničnou stanicou.
-kostol Sv.Kríža – menší, postavený v Románskom slohu.
V r.1269 mesto Kežmarok dostalo mestské práva – Kostol Sv.Kríža sa ocitol v jeho geometrickom strede, preto sa obyvatelia rozhodli, že si ho prebudujú na nový farský kostol. Stalo sa tak v r.1320. Nový kostol slúžil obyvateľom vyše 100 rokov. Počas vpádu husitov, v r.1433 a pri požiari a zemetrasení v nasledujúcich rokoch sa pravdepodobne silne poškodil. Keď v r.1434 zbúrali Kostol Sv.Michala (vďaka svojej polohe slúžil Husitom ako východisko pre útoky na mesto), ukazovala sa potreba postaviť nový, podstatne väčší kostol. Ten sa začal stavať v r. 1444. Po dostavaní sanktuária na úplne nových základoch (1486) bol starý kostol zbúraný a postavili sa dnešné 3 lode kostola. Prestavba celého kostola sa dokončila v r.1498.
V r.1521 dostala pôvodne gotická veža novú kamennú renesančnú pavľač a koncom 16.storočia ju opatrili štítkovou atikou s oblúčikmi, ktorú má dodnes. Od r.1581 až do konca 18.stor. boli na veži údajne umiestnené hodiny.
Vnútorné zariadenie kostola bolo pôvodne oveľa bohatšie ako dnes. Ako však vyzeralo, nie je známe. V kostole bolo niekoľko oltárov, pravdepodobne z iných, zaniknutých kostolov, steny boli opatrené freskami, ktoré neskôr zabielili. Počas storočí sa počet oltárov znižoval, takže v r.1803 ich bolo len 5. V 2. polovici 19.storočia (1868 - 70) bol kostol zrekonštruovaný – z tohto obdobia pochádza viacero oltárov vrátane hlavného, ktoré boli zostavené prevažne zo starých súčastí. V 20-tych a 30-tych rokoch 20. storočia boli steny sanktuária pomaľované ozdobami a freskami, čím kostol v podstate dostal dnešnú tvár. Posledná rekonštrukcia kostola sa udiala v 2.polovici 90-tych rokov, kedy dostal podlahové kúrenie a nové nátery.
V r.1997 bol kostol Sv.Kríža povýšený na Basilicu minor.

Zariadenie kostola

Hlavný oltár – hlavný oltár Sv.Kríža zaberá dominujúce miesto v sanktuáriu kostola. Bol zostavený v r.1868 – 69 podľa plánov Viktora Myškovského. Predelu tvorí reliéf s postavami 11 apoštolov a Krista. V hlavnej skrini je mohutný kríž s ukrižovaným Kristom, pod ním sú postavy Sv.Jána, Márie Magdalény a Panny Márie. U sôch je na prvý pohľad viditeľný rozdiel medzi stvárnením kríža a ostatných postáv – kríž je pre oltárnu skriňu priveľký. Je takmer isté, že pôvodne bol na oltári uprostred kostola. Odtiaľ ho niekedy v 18. storočí dali na hlavný oltár. Oltárnu skriňu dopĺňajú tabuľové maľby na dvoch pohyblivých a dvoch pevných krídlach. Pri otvorenom oltári je na krídlach vidieť scény zo života Panny Márie – na ľavej strane Návštevu u Alžbety a Ježišovo narodenie, na pravej Zvestovanie a Klaňanie sa troch kráľov. Pri zatvorených krídlach vidno na 8 obrazoch scény z umučenia Krista. Tieto scény, pochádzajúce z rokov 1450 – 60 v roku 1639 premaľovali. Obrazy sú maľované pomerne realisticky. Fiálový štít v podobe troch vežičiek obsahuje 2 sochy Krista. Okrem nich bola v minulosti na ňom aj socha Panny Márie a Sv.Michala Archanjela. Pod menzou je vzácne vyšívané antipendium asi z r.1600.
Socha svätice – napravo od hlavného oltára sa nachádza socha svätice, stojacej na mužovi s korunou na hlave. Ide pravdepodobne o sochu Sv.Kataríny z r.1515 – 1520. Muž pod jej nohami je Maxentius.
Socha Sv.Michaela Archanjela – stojí vedľa sochy svätice. V minulosti bola umiestnená na vrchole fiálového štítu na hlavnom oltári. Je údajne jednou z najstarších sôch v dnešnej bazilike.
Krstiteľnica – napravo od predchádzajúcich sôch stojí pekná bronzová gotická krstiteľnica pochádzajúca zo slávnej zvonolejárskej dielne v Spišskej Novej Vsi. Po obvode je zdobená reliéfmi. Nápis prezrádza, že bola vyrobená v r.1472.
Socha Muža bolestí – nachádza sa naľavo od hlavného oltára. Predstavuje Vzkrieseného Krista s tŕňovou korunou na hlave – pravicou si zakrýva ranu na boku, v ľavici drží kríž. Socha je jednoduchou rustikálnou prácou s ešte nevyváženými proporciami (napr.príliš veľké ruky). Pochádza z 15. alebo zo začiatku 16.storočia.
Vedľa sochy Muža bolestí sa nachádza náhrobok Zuzany Dóczyovej, manželky Šebastiána Thökölyho, ktorá zomrela v r.1596. Vyhotovený je z čierneho mramoru.
Zamrežovaný otvor v stene vedľa náhrobku - Pastofórium pochádza zo 16. storočia. Pred ním je druhé gotické pastofórium z 15. storočia v podobe vežičky. V jeho baldachýne je socha Panny Márie s Dieťaťom z 15.storočia.
Na severnej strane sanktuária sa vo výške prvého poschodia je malý chór s organom z r.1651.
Pozoruhodné sú aj 2 konzoly v sanktuáriu, do ktorých sa zbiehajú rebrá klenby. Majú podobu groteskných ľudských tvárí – mužskej a ženskej s démonickým výrazom. Ide o alegórie Dobra a Zla, Noci a Dňa...? Maľby v sanktuáriu, ako aj sklenené vitráže okien pochádzajú zo začiatku 20.storočia.
Kazateľnica má vrchnú časť drevenú, renesančnú z r.1633.
V severnej lodi kostola v jej popredí stojí zaujímavý oltár, zvaný Oltárom apoštolov alebo oltárom Spasiteľa. Jeho rám i fiálový štít sú nové, pseudogotické, asi z rokov 1868 – 69. Pôvodné sú však jeho 3 tabuľové obrazy. Pochádzajú z rokov 1470 – 80. Prostredný obraz zobrazuje Krista so zemeguľou pri nohách; po jeho pravici stojí Sv.Peter s Kľúčom v ruke, po ľavici Sv.Pavol s mečom. Po oboch stranách hlavnej tabule sú v 4 poliach zobrazení 12 apoštolovia so svojimi atribútmi.
V strednej časti severnej lode stojí vzácna gotická socha Sv.Šebastiána, ktorá reprezentovala slovenské gotické umenie na výstave v Montreale. Pochádza z konca 15. storočia a pôvodne stála v dnes už neexistujúcom oltári Sv.Mikuláša.
V severnej kaplnke kostola je pozoruhodná gotická 5 sedadlová rohová lavica s bohatými rezbárskymi ozdobami na operadle a vo vrchnej časti. Vyhotovil ju majster Šimon Lan (Lang?). Ozdoby sú nad každým sedadlom iné. Patrí k najkrajším gotickým laviciam na Spiši.
V prostrednej lodi pod chórom stojí ďalšia cenná lavica. Podľa vyrezaného dátumu pochádza z r.1518 od majstra s iniciálami H.T. Pravdepodobne v nej sedávali členovia mestskej rady. Na jej prednej časti sú obrazy hrajúcich anjelov.
Na chóre je organ, ktorého impozantná skriňa je pôvodná, pochádza z r.1641. Súčasný nástroj je však nový. Je to výrobok známej továrne Riegerovcov.
V južnej lodi vzadu je zaujímavá rokoková spovedelnica. Uprostred má erb mesta Kežmarok a okolo neho rok 1781. Vedľa nej je gotické stallum z 15.storočia.
Medzi najväčšie cennosti južnej lode patrí oltár Korunovania Panny Márie. Hoci terajší oltár bol postavený až v roku 1911 v pseudogotickom slohu, prostredný reliéf je neskorogotický zo 16. storočia. Pripomína podobný oltár v Norimberku od Víta Stwossa. Tiež má aj veľa spoločných prvkov s oltárom korunovania Panny Márie v Spišskej Kapitule. Pri reštaurovaní bol silne premaľovaný.
Naproti oltáru Korunovania stojí pri stĺpe socha Madony s dvoma anjelmi pri nohách. Na stĺpe za ňou vidno zvyšky maľovaného oltára s 3 vežičkami – je zaujímavé, že na vežičkách sú namiesto krížov polmesiace. Bola nájdená zamurovaná v múre kostola.
V prednej časti južnej lode je ďalší oltár, pozostávajúci len z tabuľových obrazov. Je to oltár Mučeníc alebo Sv.Kataríny. Prostredný obraz je datovaný rokom 1493. Sú na ňom zobrazené Sv.Katarína, Sv.Barbora (s vežičkou) a Sv.Margita (s drakom). Na bočných krídlach sú 4 obrazy, predstavujúce Sv.Dorotu (s ružami), Sv.Apolóniu (s kliešťami), Sv.Agnesu (s ovečkou) a Sv.Uršuľu (so šípom v ruke).

Priestor Rímskokatolíckej Baziliky Sv.Kríža bol v minulosti obohnaný ochranným múrom,  časť z ktorého sa zachovala dodnes. Jeden vstup zdobí renesančný portál, nad ďalšími sú umiestnené kamenné epitafy z kostola. V minulosti tu stála aj budova pre vandrujúcich cechovných tovarišov – tzv.Herberg; špitál a chudobinec. Ďalšie budovy v priestore Baziliky sú:
Zvonica – pochádza z rokov 1525 – 1591, kedy bola dostavaná a ozdobená renesančnou atikou so sgrafitom. Pokladá sa za najstaršiu a zároveň aj najkrajšiu renesančnú zvonicu na Slovensku. Má štvorcový pôdorys a je vysoká 18 m. V prednej časti zvonice je nápis, v preklade znejúci: Jasné slnko zakrylo ohnivé hviezdy Váh, keď autor pracoval na tomto diele. Zvonica bola niekoľkokrát reštaurovaná, posledný krát v r.1999.
Katolícka ľudová škola je spojená s vežou zvonice. Bola prestavaná z kaplnky Sv.Trojice, ktorá vznikla v r.1468 a bola zrušená v 18.storočí. Katolícka ľudová škola vznikla v 18. storočí a zanikla v prvých desaťročiach 20. storočia.
Mestská škola – stojí naľavo od zvonice a zdobí ju kežmarský erb. Bola postavená v r.1536 na mieste starej drevenej budovy zo 14. storočia. Jej neskorším pokračovateľom sa stalo lýceum.

Návštevné hodiny:
Bazilika Sv.Kríža je otvorená počas hlavnej turistickej sezóny cca. Po - Pi 9 - 18 hod